Die Frachtmatrix beschreibt die Frachtverbindungen zwischen allen Fracht versendenden Betriebsstellen. Aus ihr kann man ablesen welchen Weg eine Fracht zwischen zwei Betriebsstellen nehmen wird. Meist wird sie in Tabellenform dargestellt. Jede Betriebsstelle ist mit einer Zeile und einer Spalte vertreten. Zusätzlich gibt es für jede Schattenbahnhofsfarbe eine Spalte. Die Spalten der Tabelle repräsentieren die Frachtziele, die Zeilen die Startpunkte von möglichen Frachtverbindungen. Da prinzipiell alle Betriebsstellen sowohl Versender als auch Empfänger sein können, kommen sie sowohl in den Zeilen als auch Spalten vor. Zusätzlich werden für farbcodierte Frachten die den jeweiligen Schattenbahnhöfen zugeordneten Farben als Zielspalten angegeben. Sie enthalten die Informationen des Schattenbahnhofs als Betriebsstelle redundant. Man könnte sie auch direkt beim Schattenbahnhof ablesen.